Οι εισακτέοι στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.) που προέρχονται από Επαγγελματικά Λύκεια (ΕΠΑΛ) συμμετέχουν στις πανελλήνιες εξετάσεις και υποβάλλουν αίτηση μέσω του μηχανογραφικού δελτίου του Υπουργείου Παιδείας. Για να ολοκληρωθεί η διαδικασία, οι υποψήφιοι από ΕΠΑΛ πρέπει να ακολουθήσουν επιπλέον βήματα, όπως την υποβολή αίτησης ηλεκτρονικά μέσω της ιστοσελίδας του Υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής. Οι υποψήφιοι πρέπει να δηλώσουν όλες τις σχολές και ειδικότητες που έχουν επιλέξει, ενώ παράλληλα να καταθέσουν τα απαραίτητα δικαιολογητικά, όπως γνωμάτευση από υγειονομική επιτροπή που να πιστοποιεί τη σωματική και πνευματική καταλληλότητα για φοίτηση, υπεύθυνη δήλωση αποδοχής των όρων για την κολύμβηση, φωτοαντίγραφα της αίτησης συμμετοχής στις πανελλαδικές εξετάσεις, της ταυτότητας και του Α.Μ.Κ.Α. Οι δαπάνες για τη διαδικασία υγειονομικής εξέτασης βαρύνουν τους υποψηφίους και οι γνωματεύσεις είναι οριστικές και ανέκκλητες.